La Fatturazione Elettronica è la nuova modalità di emissione della fattura, che al posto del rilascio del documento cartaceo, prevede l'emissione in modalità digitale. Si tratta di un "inoltro telematico" strutturato tramite un sistema piuttosto complesso, dove i dati della fattura vengono trasmessi da colui che emette la fattura, ad un "sistema di interscambio" gestito dall'Agenzia delle Entrate e da questa, dirottati al destinatario della fattura.
La Fattura Elettronica, quindi, non è una semplice versione in PDF di un documento cartaceo: è un "flusso dati" che viene trasmesso all'Agenzia delle Entrate e da questa inoltrato al destinatario.

Dal 31 marzo 2015 l'obbligo di emettere la Fattura Elettronica è stato introdotto per le fatture nei confronti degli Enti Pubblici e della Pubblica Amministrazione. Dal 1° gennaio 2019 tale obbligo riguarda anche le fatture emesse nei confronti dei privati.

ATTENZIONE: Il Decreto Legge 29/12/2022 n. 198 ha prorogato a tutto il 2023 il divieto di emettere fatture elettroniche a fronte di prestazioni sanitarie per i soggetti che sono tenuti all’invio dei dati al Sistema TS, per l’elaborazione della dichiarazione dei redditi precompilata. Per cui i medici sono esonerati dalla fatturazione elettronica per le fatture sanitarie nei confronti di pazienti, per le quali resta l’obbligo della fattura cartacea. Viceversa la Fattura Elettronica è obbligatoria per le prestazioni nei confronti di assicurazioni, ditte, aziende, enti e altri professionisti.

Riepilogo

La fatturazione elettronica attiva (cioè la fattura elettronica emessa dal medico) è obbligatoria per prestazioni rese nei confronti di Pubbliche Amministrazioni, ad eccezione del caso dei Medici di Medicina Generale e Pediatri di Libera Scelta convenzionati con il SSN, i quali non sono tenuti alla fatturazione nei confronti della ASL per i loro compensi mensili (Risoluzione n. 98/E del 2015 dell'Agenzia delle Entrate). E' altresì obbligatoria per prestazioni nei confronti di strutture sanitarie private o di altri soggetti titolari di Partita IVA compresi i rapporti fra medici (es: sostituzioni e collaborazioni).
Viceversa, la fatturazione elettronica è esclusa (e permane l'obbligo della fattura cartacea) per le prestazioni rese nei confronti dei privati cittadini (assistiti), a norma di quanto previsto dal decreto riportato sopra.

Sul versante della fatturazione passiva (cioè le fatture emesse dai fornitori del medico), ogni fornitore si comporterà a seconda del suo regime fiscale e, nel caso in cui sia obbligato alla fatturazione elettronica, il medico gli dovrà comunicare il proprio codice destinatario o la propria PEC. Per agevolare l'inoltro di tali dati, il medico può generare un QR Code (vedasi istruzioni sul sito dell'Agenzia delle Entrate).

La conservazione "a norma" delle fatture elettroniche, sia attive che passive, può essere assolta utilizzando il software messo gratuitamente a disposizione dall'Agenzia delle Entrate oppure tramite altri strumenti software disponibili sul mercato.